Wann immer geht - nutzt verschlüsselte Verbindungen. Bezogen auf Mail heißt das: Verwendet immer die entsprechende Einstellung in Eurem Mailprogramm - die Webmailer laufen ohnehin über eine gesicherte Verbindung -, meistens finden sie sich in den Einstellungen des jeweiligen Kontos.
Verschlüsselung wird über zwei Mechanismen angeboten, SSL und TLS. SSL ist dabei das ältere Protokoll, daher ist TLS die bevorzugte Variante. Am elegantesten ist die Verwendung von STARTTLS, bei dem über die Standardeinstellungen Verschlüsselung angeboten wird. Wo immer es möglich ist, sollte man es auch nehmen, wenn man ein Mailprogramm wie Thunderbird verwendet.
Diese Verschlüsselung dient dazu, den Transport einer E-Mail und vor allem die Übermittlung von Kennwörtern und Nutzernamen abzusichern, der Inhalt der Mails wird dadurch nicht geschützt. Das allerdings lässt sich über gpg erreichen, wie es zum Beispiel von Horde und RoundCube angeboten wird. Für Thunderbird gibt es Enigmail, ein sehr gute Plugin zur Verschlüsselung.
Beide Protokolle sind völlig in Ordnung, IMAP ist aber das Deutlich praktischere. Da bei IMAP die Nachrichten auf dem Server verbleiben, kann man von überall auf den gleichen Mailbestand zugreifen und auf dem Smartphone, Tablet oder Mailprogramm immer alles synchron halten. Für POP3 spricht eigentlich gar nichts mehr, da man auch mit IMAP zusätzlich lokale Kopien der Mails auf dem Endgerät vorhalten kann.
Am schnellsten und besten liest man E-Mails immer noch mit dafür geschaffenen Programmen, am besten Thunderbird. Eine Auswahl findet sich unter Anleitungen.
Wer als Webmailer Horde verwendet, der hat luxuriöse Möglichkeiten, Adressbücher, Terminkalender, Notizen, Bildergalerien und mehr zu pflegen und mit anderen Endgeräten zu synchronisieren. Kompliziert wird die Sache dadurch, dass es verschiedene Wege (technisch: Protokolle) gibt, um das zu bewerkstelligen. Am gängigsten für die Synchronisation von Kalendern und Adressbüchern sind ActiveSync, CalDav und CardDav.