Das "Post Office Protocol" ist ein Regelwerk zum Abfragen von Mails auf einem Server. Details kann man bei der Wikipedia nachlesen.
Das wichtigste in Kürze: POP3 holt die Mail vom Server ab, die Nachrichten werden also beim Nutzer auf dem Rechner gespeichert und sind auf dem Server nicht mehr vorhanden. Man kann dieses Verhalten zwar auch ändern, vergewaltigt damit aber das Protokoll ein wenig. Alles in allem ist POP3 eine gute Sache, wenn man seine Mails auf einem Rechner vorhalten will. Das Protokoll ist nicht gut geeignet, um auf einer Vielzahl von Klienten einen einheitlichen Mailbestand zu wahren. In der Regel ist ImaP die bessere Wahl.